Die Mutterpfarre des gesamten Brixentales war Brixen im Thale. Sie gehörte ab 1216 dem salzburgischen Eigenbistum Chiemsee an bis zu dessen Aufhebung 1808. Seither ist das Brixental bis heute wieder bei der Erzdiözese Salzburg.
Hopfgarten als frühere Filiale von Brixen wurde bis ins 14. Jahrhundert von dort aus durch einen Hilfsgeistlichen betreut. Eine Urkunde von 1389 erwähnt den ersten in Hopfgarten wohnenden Geistlichen. Seit 1609 ist Hopfgarten ein Vikariat; 1858 erfolgte die Erhebung zur eigenständigen Pfarre.
Heute bildet die Pfarre Hopfgarten mit den Pfarren Itter und Kelchsau einen Pfarrverband.
Schon von weitem sieht man die Hopfgartner Pfarrkirche - auch "Dom des Brixentals" genannt. Das doppeltürmige, barocke Gotteshaus, das dem heiligen Jakob und Leonhard geweiht ist, wurde zwischen 1758 und 1764 von Kassian Singer und Andre Huber erbaut und ist aufgrund seiner Größe, seiner Architektur und der markanten Stellung mitten im Markt das weithin sichtbare Wahrzeichen von Hopfgarten. Auf der großartigen Metzler-Orgel werden auch Konzerte von weltberühmten Organisten geboten.
Auch in zwei kleinen Kirchen werden wöchentlich Gottesdienste gefeiert:
Dieses Kirchlein im Ortsteil Elsbethen ist eine Filialkirche der Pfarre Hopfgarten. Es geht auf eine Stiftung aus dem Jahr 1494 zurück und ist der hl. Elisabeth von Thüringen geweiht (1207 – 1231). Diese wird wegen ihrer Wohltätigkeit und ihres Einsatzes für Kranke bis heute verehrt.
Die heutige barocke Kapelle am Penningberg wurde 1736-42 errichtet. Sie ist dem Hl. Kreuz geweiht. Sie steht im Privatbesitz von sechs Familien des Ortsteils Penning, die jährlich abwechselnd auch die Betreuung der Kapelle übernehmen